Mimo rozpoczęcia II wojny światowej Serie A grała do roku 1943. Milan nie odniósł w niej większych sukcesów, podobnie jak w dwóch następnych latach w turniejach regionalnych organizowanych w zastępstwie zawieszonej ligi. Wyjątkiem był rok 1942, w którym zespół dotarł po raz pierwszy do finału Pucharu Włoch, przegrywając po barażowym meczu z Juventusem 1:4.
14 czerwca 1945 nastąpiła kolejna zmiana nazwy klubu na Associazione Calcio Milan, która obowiązuje do dziś. Jesienią 1945 Serie A wznowiła rozgrywki. Milan zajął w fazie eliminacyjnej czwarte miejsce ex aequo z zespołem Brescii. Po barażach Mediolańczycy awansowali do grupy finałowej, gdzie stanęli na najniższym stopniu podium. W styczniu 1947 Milan po raz pierwszy objął prowadzenie w tabeli Serie A. Ostatecznie – po fatalnej końcówce sezonu – z trudem zajęli drugie miejsce. Rok później do Mediolanu przybył reprezentant Szwecji, Gunnar Nordahl. Od tego momentu włoski klub na długie lata zagościł w czołówce włoskiego i europejskiego futbolu.
Trzy dekady sukcesów (1950–1979)
mały|Gre-No-Li, Tercet szwedzkich napastników występował w Milanie od sezonu 1949/50.