thumb|300px|Plan miasta Naukratis – jedyna grecka kolonia w Egipcie faraonów.
Miasto założono w końcu VII lub na początku VI wieku p.n.e. w delcie Nilu, nad jego zachodnią odnogą, ok. 70 km od morskiego wybrzeża. Założycielami miasta, a w początkowym okresie istnienia – emporium handlowego, byli koloniści z greckiego Miletu, którzy uzyskali pozwolenie i przywileje od Psametyka II i Ahmose II. Zamieszkałe wyłącznie przez Greków Naukratis pełniło funkcję pośrednika między Egiptem a światem helleńskim. Grekom mieszkającym w Naukratis nie wolno było zawierać małżeństw z Egipcjankami. Faraon Ahmose II (570–526 p.n.e.) w 560 p.n.e. wydał rozporządzenie, na mocy którego wszelki handel między Grekami i Egipcjanami mógł odbywać się wyłącznie na terenie Naukratis. Monopol na handel miasto posiadało zapewne do okresu perskiego, a prawdopodobnie nawet do czasu założenia Aleksandrii, kiedy straciło na znaczeniu i upadło. Greccy kupcy nabywali od Egipcjan głównie biżuterię, wonności, luksusowe lniane tkaniny, lekarstwa, papirus i pszenicę.