Drake ląduje na środku pustyni Ar-Rab al-Chali, bez wody i jedzenia. Po kilku dniach wędrówki w poszukiwaniu pożywienia dociera do opustoszałego miasta, gdzie przebywają ludzie Marlowe. Zostaje zaatakowany, jednak z opresji ratuje go plemię Salima. Wspólnie wyruszają do ich obozu. Tam Salim postanawia pomóc odbić Sully’ego.
Następnego dnia Salim oraz Drake doganiają karawanę i uwalniają Sully’ego, który przetrzymywany był w jednej z ciężarówek. Początkowa część karawany dociera do wejścia do Iremu, a reszta zostaje na posterunku. Drake i Sully gubią podczas burzy Salima i jego ludzi, ale mimo to odnajdują wejście do Atlantydy Pustyni.
Gdy wchodzą do środka, dostrzegają ruiny miasta ukrytego pod pustynią. Nathan postanawia napić się wody z fontanny, ale okazuje się, że zawierała ona środki psychotropowe. Drake doświadcza na chwilę halucynacji i gubi Sully’ego, jednak po pewnym czasie odnajduje go, a środki przestają działać. Wspólnicy odkrywają plany Marlowe, która chciała wykorzystać substancje zawarte w wodzie do niecnych celów. Postanawiają jej to uniemożliwić i niszczą wyciągarkę wody z miasta. W trakcie ucieczki dostrzegają Marlowe, która wpadła w ruchome piaski. Drake postanawia ją uratować, kiedy ta wyciąga jego pierścień. Jednak nie udaje mu się to.