Trenerem zespołu był w owym czasie Javier Aguirre.
W turnieju zimowym 1999 Pachuca pierwszy raz w historii zdobyła mistrzostwo Meksyku od czasu zaprowadzenia zawodowstwa. Pachuca w drugim meczu finałowym pokonała Cruz Azul. Javier Aguirre poprowadził zespół do niespodziewanego zwycięstwa, które ukoronował złoty gol argentyńskiego snajpera Alejandro Glarii, który zdobył bramkę wewnętrzną częścią uda. Aguirre w licznych wywiadach w czasie ćwierćfinału, a potem półfinału, powtarzał, że nie spodziewał się dojść aż tak daleko i musiał zrezygnować z zaplanowanych na ten okres wakacji. Dzięki temu sukcesowi klub został zaproszony do udziału w Copa Merconorte.
Dzięki ogromnemu wysiłkowi organizacyjnemu udało się utrzymać ok. 85% początkowego składu mistrzowskiego i w 2001 Tuzos, ponownie pod wodzą Javiera Aguirre, dotarli do finału letniego turnieju (Verano). Na Estadio Corona w Torreón nie dali jednak rady drużynie Santos Laguna.