Pełniąc służbę sztabową pozostawał oficerem nadetatowym 4 pułku strzelców podhalańskich w Cieszynie.
W 1932 roku pod jego kierownictwem kryptolodzy Marian Rejewski, Jerzy Różycki i Henryk Zygalski złamali szyfry niemieckiej Enigmy. W lipcu 1939 roku przekazał dane na temat kodów Enigmy aliantom, dzięki czemu uzyskali narzędzie, które w istotny sposób przyczyniło się do ich zwycięstwa II wojnie światowej.
Po kampanii wrześniowej 1939 roku kierował ekipą kryptologów we Francji, a po kapitulacji państwa francuskiego podjął współpracę z wywiadem brytyjskim w „wolnej strefie”. Po zajęciu Francji Vichy przez Niemców podjął w marcu 1943 roku próbę przejścia do Hiszpanii, ale został aresztowany w pobliżu Perpignan, razem z zastępcą mjr. Maksymilianem Ciężkim. Aresztowanie było wynikiem zdrady przewodnika, który miał przeprowadzić Polaków przez Pireneje. Do końca wojny więziony w Niemczech, w więzieniu zaprzeczył złamaniu szyfrów Enigmy, dowodząc, że jest to niemożliwe od czasu wprowadzenia zmian w jej mechanizmie w 1938 roku, co zapobiegło zmienieniu przez Niemców systemu szyfrującego.