Kariera zawodowa i osiągnięcia artystyczne thumb|250px|left|Koncert Jana Oberbeka w kościele Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny w Krynicy-Zdroju dla żołnierzy misji pokojowych w Libanie (2010) W roku 1977 założył w krakowskiej PWSM pierwszą w Polsce klasę lutni, gdzie w latach 1977-1979 uczył gry na gitarze. W 1992 wykładał w konserwatorium w Grazu. Jan Oberbek jest twórcą festiwali muzycznych „Sacro-Art” w miastach Dolnej Saksonii, których w latach 1994/1995 również był dyrektorem. Festiwale te prezentują m.in. polską muzykę w wykonaniu polskich wykonawców. W Krakowie zapoczątkował cykl spotkań muzycznych pn. Salon Gitarowy im. J.N. Bobrowicza. Z jego inicjatywy również powstała i została odprawiona na Jasnej Górze „Msza Św. na 20-lecie pontyfikatu Jana Pawła II”. Była to monumentalna kompozycja wokalno-instrumentalna skomponowana przez A. Nikodemowicza ze Lwowa. Na kanonizację Królowej Jadwigi w Krakowie przed Ojcem Świętym została zaprezentowana „Modlitwa Królowej Jadwigi pod krzyżem” epilog do opery K. Kurpińskiego – „Jadwiga Królowa Polski”. Jan Oberbek występował również z wieloma recitalami przed wielkimi postaciami tego świata, między innymi przed papieżem Janem Pawłem II, prezydentami Rzeczypospolitej i Francji, księżną Meklemburgii, księciem Monako, Markiem Chagallem i wieloma innymi.