Como jest jeziorem przepływowym, przepływa przez nie rzeka Adda. Wpada ona do jeziora na północnym krańcu Ramo di Colico, tuż na północ od miasta Colico, a wypływa na końcu Ramo di Lecco, w Lecco. Na północnym krańcu Ramo di Colico wpada do jeziora również rzeka Mera, a nieco dalej na zachód, w San Gregorio – duży potok Liro. Pozostałe cieki wodne uchodzące do jeziora to krótkie, bystre potoki spływające z otaczających je zboczy. Ramo di Lecco przez Rio Torto ma w miejscowości Valmadrera połączenie z dwuczęściowym jeziorem Lago di Annone.
Jedyna wyspa na jeziorze, Isola Comacina, leży w północnej części Ramo di Como, niedaleko Tremezzo. Była ona zamieszkana już w starożytności, lecz istniejące na niej osady zostały zniszczone w XII wieku.
Klimat Ogromna ilość wody w jeziorze, nagrzana w ciągu lata, niweluje znacznie ostrość zimy. Z kolei woda, wychłodzona w ciągu zimy i zasilana zimnymi wodami górskich rzek, łagodzi letnie upały. Dzięki temu lokalny klimat charakteryzuje się rzadko spotykaną łagodnością. W górnej części jeziora praktycznie zawsze (oprócz miesięcy zimowych) wieje termiczny wiatr – breva. Zaczyna on wiać ok. godz. 10.00 z siłą 1–3 B, aby w porze popołudniowej osiągnąć 3–6 B.