Po wybuchu II wojny światowej Henry Harwood otrzymał promocję do stopnia komodora. Zadaniem jego eskadry miało być zwalczanie niemieckich rajderów, niszczących aliancką żeglugę na Atlantyku. 13 grudnia 1939 roku, dzięki analizie meldunków radiowych z zaatakowanych statków, zespół komodora Harwooda przechwycił niemiecki pancernik kieszonkowy „Admiral Graf Spee” w rejonie estuarium La Platy. Po bitwie uszkodzony niemiecki okręt schronił się w neutralnym porcie Montevideo, zaś 17 grudnia został zatopiony na redzie przez własną załogę. Tego samego dnia Henry Harwood otrzymał awans do stopnia kontradmirała i został odznaczony Orderem Łaźni.
W latach 1940−1942 admirał Harwood pełnił funkcję Lorda Komisarza Admiralicji i asystenta szefa sztabu marynarki. W kwietniu 1942 roku został dowódcą Floty Śródziemnomorskiej, zaś po podziale w lutym 1943 roku tego obszaru wojennego na kilka odrębnych dowództw, komendantem strefy Lewantu, w stopniu wiceadmirała. W czerwcu tegoż roku zrezygnował z tego stanowiska ze względu na problemy zdrowotne i został oficerem odpowiadającym za zaopatrzenie 8 Armii. W latach 1944−1945 dowodził obszarem Orkadów i Szetlandów. Po zakończeniu działań wojennych, w sierpniu 1945 roku, przeszedł na emeryturę w stopniu pełnego admirała.