W latach 1947–1991 była to wewnętrzna granica, o identycznym przebiegu, pomiędzy republikami wchodzącymi w skład SFRJ. W 1992 r. Komisja Arbitrażowa Konferencji Pokojowej w sprawie Jugosławii zdecydowała, że granice między byłymi republikami związkowymi powinny stać się ich międzynarodowymi granicami. Słowenia i Chorwacja próbowały następnie porozumieć się nt. doprecyzowania granicy. W 2001 roku premierzy obu państw podpisali porozumienie Drnovšek-Račan, na mocy którego Słowenia miała otrzymać ⅔ Zatoki Pirańskiej oraz część morza terytorialnego Chorwacji, jednak chorwacka opozycja skrytykowała jego zapisy i porozumienie nie zostało ratyfikowane przez parlament.
Po wstąpieniu Słowenii do Unii Europejskiej w 2004 roku, jej władze blokowały przystąpienie Chorwacji i dopiero w 2009 roku Chorwacja zgodziła się spór oddać przed Stały Trybunał Arbitrażowy w Hadze. W 2015 r. chorwackie media ujawniły, że przedstawicielka rządu Słowenii usiłowała wpłynąć na sędziów w celu uzyskania korzystnego dla Słowenii werdyktu. Ostatecznie skład trybunału zmieniono, a 29 czerwca 2017 r.