Był pracownikiem Towarzystwa do Ksiąg Elementarnych, związany z Komisją Edukacji Narodowej, gdzie opracował pierwsze polskie podręczniki szkolne. Podczas przerwy wakacyjnej w posiedzeniach Towarzystwa do Ksiąg Elementarnych, Dr. P. Czempiński przystąpił do pracy, do której był specjalnie powołany, a mianowicie do pisania książki elementarnej o człowieku i zachowaniu zdrowia. Naukę tę wprowadzili pijarzy do programów szkolnych.
W 1782 roku odbył podróż z lekarzem, Janem Jaśkiewiczem, dotyczącą obserwacji geologicznych i botanicznych na południowo-wschodnim obrzeżeniu Gór Świętokrzyskich i w okolicach Krakowa. Przerwę wakacyjną w 1783, zużytkował na podróż do Wilna na Litwie miała charakter zbliżony do poprzedniej. Ekspedycja w tamte strony nasuwała możność obejrzenia najbogatszych i najciekawszych zbiorów muzealnych w Polsce: ks. Jabłonowskiej w Siemiatyczach, ks. Kluka w Ciechanowcu, Giliberta początkowo w Grodnie, a następnie w Wilnie.
Był inicjatorem oraz założycielem Warszawskiej Szkoły Anatomii i Chirurgii. Pisał również na tematy związane z górnictwem oraz hutnictwem.