Z uwagi na zużycie, S.3 został wycofany z polskiej służby 16 maja 1943 roku, a następnie zwrócony Brytyjczykom 20 maja 1943 roku w Dover. Mimo uszkodzeń spędził 251 dni w morzu, biorąc udział w 97 patrolach i operacjach, w tym pięciu potyczkachS.3 w literaturze ma obiegową opinię „pechowego” okrętu z uwagi na liczne uszkodzenia (, ) – niemniej, biorąc pod uwagę, że był intensywnie wykorzystywany i nie został zatopiony, ani nie są znane straty w jego załodze, opinia taka wydaje się krzywdząca.. Polska załoga obsadziła wkrótce wydzierżawiony od Royal Navy MGB 113, pod polskim oznaczeniem S.4.
Dawny S.3 został sprzedany w 1945 roku w ręce prywatne, został przebudowany na jacht motorowy „Freelance”, który istniał jeszcze w 2014 roku. W 1977 roku brał udział w paradzie z okazji 25-lecia panowania Elżbiety II; obecny wówczas na pokładzie był jego dawny dowódca Andrzej Jaraczewski. Wymieniono na nim w toku eksploatacji silniki na bardziej ekonomiczne.
Dowódcy Stopień, nazwiskopoczątekkoniec ppor. mar. Andrzej Jaraczewskiod 3 maja 1941 por. mar. 11 lipca 1940 25 września 1941 ppor. mar.