W czerwcu 2007 samorządy Zielonej Góry i województwa lubuskiego podpisały wstępną umowę z zarządcą portu, Przedsiębiorstwem Państwowym „Porty Lotnicze” (PPL) mającą na celu przekształcenie części istniejącej infrastruktury portu w znaczący lotniczy port towarowy (ang.: cargo) dla zachodniej Polski i wschodnich Niemiec. W styczniu 2011 zawieszono wszystkie loty do Warszawy. Lotnisko obsługiwało od tamtej pory jedynie samoloty prywatne i od czasu do czasu transporty żołnierzy. Od czerwca 2011 zostały wznowione bezpośrednie loty do Warszawy. Trasę tę do 2016 obsługiwały linie Sprint Air, a od marca 2017 LOT.
24 czerwca 2019 odbył się pierwszy w historii lotniska lot czarterowy. Miejscem docelowym była turecka Antalya. Od tego czasu, na rzecz biur podróży regularnie odbywają się loty w tej formule do kurortów położonych w Egipcie i Turcji.
Linie lotnicze i połączenia Według stanu na 2026 port lotniczy regularnie obsługiwał loty krajowe na 1 trasie: +Linia lotniczaKierunekEnter AirSezonowo czartery: Hurghada Marsa Alam EnfidhaLOT Warszawa-ChopinPegasus AirlinesSezonowo czartery: Antalya