2 lutego 1972 Święty Synod Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego nominował go na biskupa wikariusza eparchii moskiewskiej z tytułem biskupa podolskiego. Serapion (Fadiejew) został również wyznaczony na oficjalnego przedstawiciela Patriarchatu Moskiewskiego przy Patriarchacie Antiochii. Jego chirotonia biskupa odbyła się 5 marca 1972 w soborze Objawienia Pańskiego w Moskwie; jako konsekratorzy wzięli w niej udział patriarcha moskiewski i całej Rusi Pimen, metropolici leningradzki i nowogrodzki Nikodem (Rotow), kruticki i kołomieński Juwenaliusz (Pojarkow), arcybiskupi wołokołamski Pitirim (Nieczajew), dmitrowski Filaret (Wachromiejew), tulski i bielowski Juwenaliusz (Tarasow) oraz nowosybirski i barnaułski Gedeon (Dokukin). Biskup Serapion spełniał wyznaczoną mu funkcję przez dwa lata;