Ustalenia dotyczące transferu ludności poruszył także traktat o granicach i przyjaźni III Rzesza-ZSRR 1939, a na przełomie października i listopada 1939 roku Niemcy podpisali z ZSRR osobne umowy o przesiedleniach Niemców z terenów Łotwy i Estonii oraz okupowanego przez ZSRR Wołynia i Galicji wschodniej.

Przebieg akcji Przesiedlenia odbyły się w dwóch głównych falach w latach 1939–1941. W sumie w okresie 1939-1941 Niemcy przesiedlili z Łotwy i Estonii według różnych szacunków 69–76,9 tys. Niemców, z czego większość osób trafiła na tereny „oczyszczonego” z Polaków i Żydów Kraju Warty oraz Pomorza. Z Litwy natomiast w 1941 roku przesiedlono ok. 51–54 tys. Niemców, których większość zostało osiedlonych w Wielkopolsce (zwanej przez Niemców „Krajem Warty”) na gospodarstwach odebranych polskim właścicielom.

„Kiedy otworzyliśmy drzwi, paliło się tam światło. Na stole stało jedzenie i szklanki z wystygłą herbatą, a w łóżeczkach dziecięcych była rozrzucona pościel. Domyśliliśmy się, że wysiedlenie musiało być bardzo gwałtowne, odbyć się wieczorem, kiedy dzieci już spały, a dorośli jedli kolację.