Ostatnim krokiem w jego karierze zawodowej był udział w konkursie na miejskiego radcę budowlanego w Bydgoszczy. Po wygraniu konkursu, w styczniu 1878 r., zrezygnował ze stanowiska w Wiesbaden i przyjął posadę miejskiego radcy budowlanego w tutejszym Magistracie. Na stanowisku miejskiego radcy budowlanego Bydgoszczy Lincke pracował aż do śmierci. W 1879 r. podupadł na zdrowiu, prawdopodobnie zachorował na gruźlicę. W 1880 roku poprosił o sześciotygodniowy urlop na podróż do uzdrowiska w Bad Reichenhall. W następnych latach także wyjeżdżał na kuracje do kolejnych uzdrowisk. Jednak choroba pogłębiała się i ostatecznie Lincke zmarł 28 listopada 1885 roku w wieku zaledwie 39 lat. Jego posadę w Bydgoszczy zajął architekt Carl Meyer.
Działalność zawodowa w Bydgoszczy Wilhelm Lincke objął posadę miejskiego radcy budowlanego w Bydgoszczy 17 stycznia 1878 roku. Pierwotnie zajmował się opracowaniem projektu budowy Ratusza Bydgoszczy, na siedzibę którego przewidziano dawne kolegium jezuickie. Wykonawcami prac byli: Albert Rose w zakresie robót murarskich i Heinrich Mautz ciesielskich. Uroczyste oddanie przebudowanego gmachu ratusza nastąpiło 19 grudnia 1879 roku.