Podczas pierwszego sezonu odpadł z Cruz Azul w ligowych repasażach, w kolejnym dotarł do ćwierćfinału, a został zwolniony w marcu 2004 po zanotowaniu sześciu kolejnych porażek, ogółem spędzając w klubie rok. W styczniu 2005 powrócił do zespołu, z którym święcił dotychczas największe sukcesy jako trener – Deportivo Toluca, lecz nie potrafił tam nawiązać do wcześniejszych osiągnięć. Opuścił stanowisku już po czterech miesiącach, bezpośrednio po serii siedmiu meczów z rzędu bez zwycięstwa.
W maju 2006 Meza podpisał umowę z ówczesnym mistrzem Meksyku – zespołem CF Pachuca. Tam jeszcze w tym samym roku zajął drugie miejsce w superpucharze Meksyku – Campeón de Campeones (0:1, 0:1 z Tolucą) oraz triumfował w międzynarodowych rozgrywkach Copa Sudamericana po pokonaniu w finale chilijskiego Colo-Colo (1:1, 2:1). Dzięki temu Pachuca została pierwszym meksykańskim klubem, który zdołał odnieść triumf w południowoamerykańskim turnieju. W wiosennym sezonie Clausura 2007 wywalczył natomiast czwarte w swojej karierze mistrzostwo Meksyku po pokonaniu w dwumeczu finałowym Amériki (2:1, 1:1).