W czasie wojen inflanckich Estonia stała się częścią protestanckiego królestwa Szwecji. Katolicka katedra stała się kościołem luterańskim i zaczęto ją nazywać kościołem zamkowym. W 1625 roku szwedzki król Gustaw II Adolf sprzedał miasto Haapsalu wraz z zamkiem i przyległymi ziemiami hrabiemu Jacobowi De la Gardiemu, który planował przebudować rozpadającą się fortecę na nowoczesny zamek. Arent Passer, rzeźbiarz i architekt, został zaproszony do współpracy jako doradca.
thumb|Ołtarz Matek upamiętniający estońskie matki zabite w czasie sowieckiej okupacji 23 marca 1688 dach kościoła kryty miedzianą blachą uległ zniszczeniu w pożarze, ale kościół odrestaurowano względnie szybko. Burza w 1726 roku ponownie zniszczyła dach. Zubożałej kongregacji nie było stać na renowację, więc przeniosła się do kościoła w mieście. W wieku XIX rozpoczęto rekonstrukcję ruin zamku w romantyczny zespół zamkowy.
W latach 1886–1889 kościół przeszedł renowację i przebudowę. Zniszczony romański portal został zastąpiony pseudogotyckim portalem schodkowym, zachowane fragmenty naściennych malunków zostały przykryte, a grobowce zabrane. 15 października 1889 odprawiono w kościele pierwszą mszę w intencji Świętego Mikołaja.