Wprowadzenie do fabuły Gra rozpoczyna się animacją, w której Guybrush Threepwood wspomina dawne przygody. Okazuje się, że bohater jest przywiązany do masztu, a okręt na którym podróżuje wraz ze swą małżonką Elaine jest właśnie atakowany przez piratów. W tym momencie kontrolę nad akcją przejmuje gracz. Po zatopieniu okrętu wroga, Guybrush wraz z Elaine dopływają do brzegów, znanej z The Secret of Monkey Island Mêlée Island, czym kończą swój miesiąc miodowy. Na wyspie czeka ich niespodzianka: Elaine została uznana za zmarłą, co powoduje konieczność rozpisania nowych wyborów na gubernatora. Tym razem jednak pojawił się kontrkandydat w osobie tajemniczego Charlesa L. Charlesa. Co więcej, rezydencja Elaine ma zostać zburzona, a Guybrush otrzymuje zadanie powstrzymania rozbiórki.