W 1886 roku niemieccy misjonarze rozpoczęli budowę kościoła. Z pomocą finansową pospieszyli Amerykanie niemieckiego pochodzenia z Filadelfii (USA). Kościół został ukończony w 1891 roku, ale działalność duszpasterską rozpoczął dopiero w 1893 roku, kiedy żona cesarza Niemiec Wilhelma II Hohenzollerna, Augusta Wiktoria odwiedziła Stambuł i wyjednała u sułtana zgodę na otwarcie kościoła w Betlejem, które wraz z Palestyną należało wówczas do Imperium Osmańskiego.
W 1893 otwarto kościół. Dokument udzielenia przez władze osmańskie zgody na działalność znajduje się do dziś w kościele. W tym samym roku kościół uzyskał oficjalną nazwę: Ewangelicki Kościół Bożego Narodzenia (ang. Evangelical Christmas Church). W 1847 natomiast otrzymał dotychczasową nazwę: Evangelisch-Lutherische Weihnachtskirche in Bethlehem (ang. Evangelical Lutheran Christmas Church, pol. Ewangelicko-Luterański Kościół Bożego Narodzenia).
Kościół Bożego Narodzenia należy do Evangelisch-Lutherische Kirche in Jordanien und im Heiligen Land (pol. Ewangelicko-Luterańskiego Kościoła w Jordanii i Ziemi Świętej). Pastorem jest Mitri Raheb.