W 1991 roku Juan Carlos został zawodnikiem FC Barcelona, prowadzonej przez Johana Cruyffa. W Barcelonie swój debiut zanotował 13 września 1991 w meczu z Realem Saragossa (3:1). Swój pobyt w Barcelonie rozpoczął od zdobycia Superpucharu Hiszpanii, a następnie w sezonie 1991/1992 wywalczył mistrzostwo kraju oraz zdobył Puchar Mistrzów, pierwszy w historii klubu. Z Barceloną sięgnął też po Superpuchar Europy w 1992 roku oraz po kolejne dwa mistrzostwa kraju – w 1993 i 1994 roku.
Latem 1994 Juan Carlos odszedł do Valencii, w której zadebiutował 3 września 1994 w meczu z Atlético Madryt (4:2). W Valencii grał przez sezon, a w 1995 roku wrócił do Realu Valladolid. Grał w nim do zakończenia swojej kariery, czyli do 1999 roku.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1984/85 Real Valladolid Primera División 1 0 1985/86 Real Valladolid Primera División 33 0 1986/87 Real Valladolid Primera División 43 2 1987/88 Atlético Madryt Primera División 12 0 1988/89 Atlético Madryt Primera División 27 0 1989/90 Atlético Madryt Primera División 13 0 1990/91 Atlético Madryt Primera División 24 0 1991/92 FC Barcelona Primera División 22 0 1992/93 FC Barcelona Primera División 24 0 1993/94 FC Barcelona Primera División 9 0 1994/95 Valencia CF Primera División 14 0 1995/96 Real Valladolid Primera División 28 0 1996/97 Real Valladolid Primera División