Absolwenci kursów drugiego i trzeciego otrzymali dyplomy ukończenia Oficerskiej Szkoły Marynarki Wojennej.
Zadaniem TKIO było wspólne przeszkolenie oficerów wywodzących się z różnych marynarek trzech państw zaborczych oraz doszkolenie tych oficerów, którzy w ogóle nie ukończyli morskich szkół wojennych. Dlatego też program kursów obejmował wyłącznie przedmioty dotyczące nawigacji morskiej, budowy okrętów i uzbrojenia okrętowego oraz taktyki morskiej. Szkolenie teoretyczne (łącznie 10 miesięcy) i praktyczne (łącznie 8 miesięcy) było podzielone na dwie części. Po pierwszej części szkolenia teoretycznego słuchacze odbywali 4-miesięczną praktykę na okrętach na stanowiskach podoficerskich, po drugiej części – na stanowiskach oficerskich. Zajęcia prowadzili oficerowie Departamentu dla Spraw Morskich (następnie Kierownictwa Marynarki Wojennej), Komendy TKIO, Państwowej Szkoły Morskiej, szkół wojskowych garnizonu toruńskiego oraz profesorowie toruńskich szkół cywilnych.