Jan Prüffer (ur. 5 marca 1890 w Bołkunach, pow. drohicki, obecnie Białoruś, zm. 30 grudnia 1959 w Toruniu) – polski entomolog, lepidopterolog, profesor zwyczajny.
W latach 1901–1905 uczęszczał do gimnazjum państwowego w Częstochowie, z którego został relegowany za udział w strajku szkolnym. Od 1907 roku kontynuował naukę w Gimnazjum Polskim, tam w 1909 roku zdał maturę. W tym samym roku rozpoczął studia na Uniwersytecie Jagiellońskim, studiował nauki przyrodnicze, w tym zoologię pod kierunkiem Michała Siedleckiego. Ukończył studia magisterskie w 1914 roku, uzyskując absolutorium. W latach 1915–1917 nauczał w częstochowskich szkołach, m.in. w Gimnazjum Żeńskim Wacławy Chrzanowskiej (w latach 1916–1917 był jego dyrektorem). Członek Centralnego Komitetu Narodowego w Warszawie (VII 1916 – II 1917). W 1917 roku wstąpił do Legionów.
W 1918 roku został zatrudniony na Uniwersytecie Jagiellońskim jako demonstrator, a potem asystent Michała Siedleckiego, pracował też w Krajowej Stacji do Badań Szkodników Zwierzęcych na Roślinach, funkcjonującej przy Zakładzie Zoologii UJ.