W latach 1933–1934 pełnił funkcję dziekana Wydziału Matematyczno-Przyrodniczego USB.
Po likwidacji uczelni przez okupacyjne władze litewskie w 1939 roku zaangażował się w tajne nauczanie na poziomie licealnym i uniwersyteckim oraz pracował w wileńskich instytucjach rolniczych (Stacja Ochrony Roślin Wileńskiej Izby Rolnej, Laboratorium Kwarantanny Roślin, Laboratorium Agrotechniczne).
W 1945 roku wyjechał do Torunia, gdzie organizował Wydział Matematyczno-Przyrodniczy na tworzonym Uniwersytecie Mikołaja Kopernika. Był dziekanem tego wydziału w latach 1945–1947. W 1946 roku otrzymał tytuł profesora na Uniwersytecie Mikołaja Kopernika w Toruniu. Kierował Zakładem Zoologii Systematycznej oraz stacją badawczą w Koniczynce.
Odznaczony Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski. Został pochowany na cmentarzu św. Jerzego w Toruniu. Jedna z ulic lewobrzeżnego Torunia nosi imię Marii i Jana Prüfferów.