Flora Masyw Stolicy w ogromnej większości porastają lasy. W obrębie regla dolnego są to buczyny o składzie gatunkowym zależnym od podłoża, wysokości n.p.m. i ekspozycji. W obrębie regla górnego występuje karpacki bór świerkowy, w którym świerkowi towarzyszą jawor i jarzębina, w podszyciu rosną m.in. wiciokrzew czarny i porzeczka skalna, a w warstwie runa – m.in. wietlica alpejska, modrzyk górski, omieg górski, jaskier platanolistny i liczydło górskie. W najwyższych położeniach świerczyny rzedną, a w runie dominują borówka czarna i trzcinnik owłosiony. W przeszłości znaczne obszary na wierzchołku i najwyższych grzbietach pokrywały intensywnie wypasane polany. Dziś część z nich wtórnie zalesiono, część zarosła bliźniczką psią trawką, wśród której rosną również owsica pstra, tomka alpejska, pięciornik złoty, prosienicznik jednogłówkowy i rzadki fiołek żółty sudecki. Znaczne powierzchnie na połogim szczycie porasta śmiałek darniowy. Przy źródliskach potoków występują rzeżucha gorzka i wełnianka pochwowata, a przy źródłach Slanej rzadko bobrek trójlistkowy.