Mimo trudnych okoliczności, prócz ciągłej pracy na rzecz niewidomych, zarówno w Warszawie jak i w Laskach siostry franciszkanki i pracownicy świeccy Towarzystwa nieśli pomoc rannym żołnierzom, organizowali szpitale, pełnili służbę przeciwpożarową.
Lata okupacji były dla Towarzystwa okresem ciężkiej próby. Należało odbudować, przynajmniej w niezbędnym zakresie, zniszczone mienie. Część budynków została zajęta przez Niemców, a na wschodzie przez Sowietów. Występowały olbrzymie problemy z zaopatrzeniem w żywność i z finansowaniem Zakładu. Nadal jednak prowadzono statutową działalność w zakresie opieki nad niewidomymi, rozszerzając ją dodatkowo na sieroty wojenne, dzieci nie obarczone inwalidztwem wzroku. Pomocą obejmowano również osoby i rodziny, które przed wojną mocno angażowały się w rozwój Towarzystwa, zaś czasach okupacji popadły w trudności życiowe. We wszystkich placówkach udzielano aktywnego wsparcia walczącemu podziemiu. Wielu pracowników świeckich Towarzystwa było członkami ugrupowań niepodległościowych, duchowni Dzieła Lasek pełnili posługi kapłańskie w oddziałach partyzanckich. Zakład w Laskach udzielał schronienia osobom zaangażowanym w ruch oporu. Prowadzono tajne nauczanie.