W ósmym sezonie rezydenci przygotowują się do egzaminów. W noc przed testem, April, w napływie euforii po bójce w barze, przeżywa swój pierwszy raz z Jacksonem Averym. Następnego dnia jest roztrzęsiona – uważa, że zdradziła Jezusa – i nie radzi sobie podczas rozmowy. Okazuje się, że nie zdała egzaminu. Wkrótce potem szef Hunt, informuje ją, że nie ma środków, by ją dalej zatrudniać.
W dziewiątym sezonie Owen Hunt przyjeżdża do niej na farmę i przywraca ją do pracy. Kepner wraca i przez pewien czas nadal utrzymuje intymne relacje z Jacksonem. Ponieważ April ma obawy, że jest w ciąży jej chłopak proponuje jej wyjście za mąż. Gdy okazuje się, że April nie jest w ciąży, odmawia Avery’emu. Po tym jak oboje decydują się iść na ślub Bailey oddzielnie i biorą za partnerów stażystów, Jackson wchodzi w związek ze stażystką Stephanie. Niedługo potem April zaczyna umawiać się z ratownikiem medycznym – Matthew, który na koniec dziewiątego sezonu oświadcza się jej.