Sam żył skromnie, wymagał od pracowników kurii ubierania się na czarno. Ustanowił Akademię Notti Vaticane, publikującą Noctes Vaticanae. W 1561 ufundował kolegium w Padwie dedykowane św. Justynie z Padwy, znane dziś jako Almo Collegio Borromeo.

Sobór Trydencki Zajmował się również organizacją ostatniego, trzeciego zjazdu Soboru Trydenckiego w latach 1562–1563, wniósł duży wkład w Katechizm Trydencki (Catechismus Romanus). Później jako arcybiskup Mediolanu dokładał starań, by postanowienia Soboru Trydenckiego były realizowane w jego archidiecezji. Był członkiem Kongregacji Soboru, nadzorującej wprowadzanie reform po Soborze Trydenckim, od jej powołania do końca swojego życia.

Od 16 marca 1563 do lutego 1566 był jednym z inkwizytorów generalnych Kongregacji Świętego Oficjum.