Środowisko Spotkać go można w lasach, buszu i obszarach rolnych oraz w pobliżu skalistych zboczy i domostw. Rzadko zawisa w powietrzu. Zamiast tego poluje poprzez siadanie na wyeksponowanych gałęziach i czekanie na ofiarę. Gdy wybierze odpowiednią, lotem nurkowym chwyta ją. Jaszczurki, zwłaszcza gekony zielone z rodzaju Phelsuma i jaszczurki Mabuya stanowią 92% ich diety. Czasem polują też na małe ptaki, żaby, szczury i owady.
Terytorium lęgowe obejmuje prawie 40 ha – to najmniejsza powierzchnia zajmowana przez ptasiego drapieżnika. Okres lęgowy trwa od sierpnia do października. Gniazda umieszczają na klifach, drzewach i budynkach. Stanowi je proste zagłębienie wyskrobane szponami, bez użycia dodatkowych materiałów na gniazdo. Samica składa 2–3 białe jaja z brązowymi plamkami. Wysiadywane są 28–31 dni. Młode ptaki stają się lotne po 35–42 dniach i od tego czasu trzymają się z rodzicami jeszcze przez kolejnych 14 tygodni.
Status i ochrona Międzynarodowa Unia Ochrony Przyrody (IUCN) uznaje pustułkę seszelską za gatunek narażony (VU – vulnerable) nieprzerwanie od 1994 roku. Liczebność populacji szacuje się na 700–900 dorosłych osobników;