W wyniku trwającego 21 lat konfliktu zginęło przeszło 2 mln osób, ponad 4 mln opuściło swoje domy, a ponad 600 tys. opuściło Sudan i szukało schronienia w państwach sąsiednich.
W wyniku mediacji ze strony Międzyrządowej Władzy ds. Rozwoju (ang. Intergovernmental Authority on Development, IGAD), organizacji grupującej państwa z rejonu Afryki Wschodniej, rząd Sudanu na czele z prezydentem Omarem al-Baszirem i SPLA 9 stycznia 2005 podpisali w Nairobi całościowe porozumienie pokojowe (Comprehensive Peace Agreement). Zgodnie z nim w Sudanie wprowadzony został 6-letni okres przejściowy (liczony od 9 lipca 2005, wcześniej obowiązywał półroczny okres poprzedzający go), w czasie którego Sudan Południowy miał posiadać szeroką autonomię z własnym parlamentem i prezydentem, który z urzędu objął także stanowisko wiceprezydenta Sudanu. W tym czasie w Sudanie miały zostać przeprowadzone wybory powszechne. Na koniec okresu przejściowego miało natomiast odbyć się referendum pod międzynarodowym nadzorem, zorganizowane wspólnie przez rząd Sudanu i Ludowy Ruch Wyzwolenia Sudanu (SPLM) dla ludności Sudanu Południowego, w celu potwierdzenia jedności kraju bądź zadecydowania o secesji.