Sztuczne podziały i ograniczenia rozwojowe stosowane przez administrację kolonialną oraz arabską politykę eksterminacji i niewolnictwa w stosunku do plemion zamieszkujących głównie południową część terytoriów implikowała liczne krwawe konflikty w tym krajuRed. R. Bania, K. Zdulski (A. Demkowicz): Bezpieczeństwo narodowe i międzynarodowe w regionie Bliskiego Wschodu i Północnej Afryki (MENA) u progu XXI wieku. Ibidem Łódź. 2012. s. 245. .
Negocjacje na temat organizacji referendum Od czasu podpisania pokoju na terenie Sudanu Południowego dochodziło do walk i wybuchów przemocy na tle etnicznym, które spowodowały tysiące ofiar śmiertelnych. Władze południa oskarżały władze z północy o podsycanie niepokojów, zbrojenie i finansowanie rebeliantów, czemu te konsekwentnie zaprzeczały. Starcia stanowiły zagrożenie dla procesu pokojowego i utrudniały przygotowania do referendum. W samym tylko roku 2009 w wyniku przemocy, głównie w stanie Dżunkali, zginęło co najmniej dwa tysiące osób.