Na początku września 2009 strony zdołały porozumieć się w sprawie 6 z 9 punktów przedstawionych w agendzie rozmów (składu komisji referendalnej, statusu obserwatorów, kwestiach bezpieczeństwa, rejestracji wyborców, systemu głosowania i ogólnej definicji uprawnionych do głosowania). Nierozstrzygniętą sprawą pozostawała nadal liczba głosów potrzebnych do wyboru jednej z dwóch opcji. Północ opowiadała się za progiem 75% oddanych głosów, czemu sprzeciwiał się SPLM. Drugą sprawą była kwestia podziału uprawnień pomiędzy komisję referendalną z siedzibą w Chartumie a jej oddział w Dżubie. Strony były podzielone także w sprawie terytorium, na którym miało się odbyć głosowanie. Południe optowało za jego organizacją wyłącznie na obszarze Sudanu Południowego, natomiast przedstawiciele z północy domagali się głosowania na obszarze całego Sudanu.
16 października 2009 wiceprezydent Taha i wiceprezydent Machar ogłosili osiągnięcie porozumienia w sprawie ustawy referendalnej i zakończenia rozmów. Według nich, do wyboru jednej z dwóch opcji (secesja lub jedność) wymagana miała być zwykła większość głosów (co najmniej 50%+1) oraz udział ponad 2/3 uprawnionych do głosowania.