Spowodowane było to tym, że drugi stopień rakiety pozostawał w ruchu wskutek wycieku resztek paliwa. Następnie astronauci przystąpili do zaplanowanych doświadczeń medycznych.
Przebieg lotu W drugim dniu misji kontrolerzy (niechętnie) zgodzili się, by Lovell zdjął skafander. Astronauci dla potrzeb tej misji otrzymali nowe lekkie skafandry opracowane specjalnie z myślą o długich misjach. Astronauci stwierdzili, że nowe skafandry nie spełniają swojej roli. Zdecydowano, że zawsze jeden z astronautów musi być w skafandrze. Po pięciu dniach lotu przeprowadzono cztery korekty orbity. Po ich wykonaniu statek znalazł się na orbicie kołowej o wysokości 300 km. W czasie trzech dni po udanym spotkaniu z Gemini 6, a przed wodowaniem astronauci oddali się lekturze. Na pomysł, by zabrali ze sobą książki, wpadł Conrad. W trakcie misji Gemini 5 doszedł do wniosku, że jest to jedyne lekarstwo na kosmiczną nudę. Po dwóch tygodniach pobytu w ciasnym pomieszczeniu byli nieco osłabieni, ale w pełni zdrowi.