Również hierarchia unicka, faworyzowana przez rządy Rzeczypospolitej (osłabienie prawosławia miało zarazem osłabić wpływy rosyjskie), wobec efektów działalności misyjnej mnichów, zdecydowała się na interwencję. 28 lutego 1767 surogat korsuński ks. Bazyli Lubiński skierował do biskupa Gerwazego (Lincewskiego) list, w którym zarzucał Melchizedekowi i mnichom prawosławnym prowadzenie agitacji religijnej, nakłanianie duchowieństwa do porzucenia unii oraz wznoszenie nowych świątyń prawosławnych. W postępowaniu wyjaśniającym przeprowadzonym przez biskupa Gerwazego ihumen odrzucił powyższe zarzuty.
16 maja 1765 Melchizedek (Znaczko-Jaworski) otrzymał paszport umożliwiający mu wyjazd do Petersburga celem poszukiwania na dworze carskim poparcia dla Kościoła prawosławnego na Ukrainie Prawobrzeżnej, w tym dla własnego monasteru – 26 marca został poinformowany o planach przekazania go unitom. Następnie wrócił do klasztoru. Zdaniem Władysława Serczyka podczas swojego wyjazdu stał się jednym z twórców „systemu nacisku na Polskę w sprawie dysydenckiej”.