W południowym pasie gór znajdują się czynne wulkany. Północne i południowe obszary nadbrzeżne to regiony gdzie podłoże budują czwartorzędowe wapienie organodetrytyczne i rafowe. Wyspy należące do Hondurasu należą do struktur fałdowych północnej części kraju. Obszar Hondurasu jest aktywny sejsmicznie. W kraju występują złoża żelaza, cyny i miedzi.
Rzeźba Honduras jest krajem górzystym, gdzie tereny górskie leżące powyżej 900 m n.p.m. stanowią połowę powierzchni kraju, a około 2/3 to obszary leżące wyżej niż 300 m n.p.m. Główną część kraju stanowią Kordyliery Ameryki Środkowej, gdzie obszary górskie pocięte są dolinami rzek i zamkniętymi kotlinami pochodzenia tektonicznego. Kordyliery Hondurasu nie są górotworami wysokimi, najwyższe partie gór leżą w zachodniej części kraju. Przy granicy z Salwadorem ciągnie się pasmo Cordillera de Merendón, gdzie wznosi się najwyższy szczyt kraju – Cerro Las Minas wysoki na 2890 m n.p.m. W centralnej części kraju leżą pasma Sierra de Opalaca, Sierra de Comayagua i dwa pasma wulkaniczne: Sierra de Nombre de Dios z najwyższym szczytem Bonito – 2451 m n.p.m. i Sierra de Agalta ze szczytem Culmi – 2590 m n.p.m. We wschodniej części kraju leży pasmo Montañas de Colón. Obszary nizinne ograniczają się do regionów nadmorskich na północy i na południu kraju.