Za czasów tej dynastii, na dworze istniały równolegle dwie akademie: drugą była Mongolska Akademia Hanlin (Menggu Hanlin Yuan), co było typowe dla ówczesnej, podwójnej, mongolsko-chińskiej struktury rządowej; mongolska akademia była ważna jako centrum tłumaczenia ważnych dokumentów rządowych z chińskiego na mongolski i odwrotnie.
Za dynastii Ming, Akademia Hanlin stała się jeszcze bardziej formalną instytucją, której poszczególni członkowie mieli dokładnie określone zadania jak np. przygotowywanie projektów edyktów, nauczanie książąt domu cesarskiego, kompilowanie oficjalnych kronik historycznych, czy pomoc cesarzom w ich studiach. Cesarze mingowscy w mniejszym stopniu polegali na konfucjańskiej biurokracji, a bardziej na osobistych sekretarzach i eunuchach, a ponieważ wielu sekretarzy wywodziło się z akademików, a nie biurokracji prowincjonalnej, między akademią a wykonawczą częścią aparatu państwowego było spore napięcie.
Dynastia Qing przejęła model akademii mingowskiej. Rekrutowano do niej uczonych z trzech najwyższych poziomów najwyższego stopnia egzaminacyjnego, jinshi.