W tym okresie ogłosił 7 prac naukowych, które oprócz publikacji były wygłaszane na zjazdach naukowych w Krakowie, Poznaniu i Lwowie.
Okupacja Po wybuchu wojny udał się wraz z grupą lekarzy do Zamościa i Lublina, gdzie pracował w punkcie opatrunkowym dla uciekinierów, zorganizowanym w gmachu Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego. W dniu 18 września, w trakcie trwającej kilkadziesiąt godzin obrony Lublina, prof. Schwarz pełnił funkcję lekarza na linii bojowej.
Po ucieczce z niewoli powrócił do Krakowa, gdzie przejął swe dawne czynności adiunkta Oddziału Ginekologiczno-Położniczego. Gdy kierownictwo szpitala przejął niemiecki profesor Walter Schaefer, prof. Schwarz zwrócił się do członków tajnego Uniwersytetu Jagiellońskiego z prośbą o wskazówki. Ci nakazali mu w interesie polskich chorych przyjąć oferowane przez dyrekcję okupacyjną stanowisko Oberarzta III Oddziału i Kliniki Ginekologiczno-Położniczej UJ. Profesor pełnił tę funkcję do 1943 r. w bardzo trudnych warunkach: wielokrotnie odmawiał przyjęcia obywatelstwa niemieckiego, operował i leczył w getcie krakowskim i tarnowskim, współpracował z konspiracyjnymi organizacjami. Dzięki pełnionej funkcji nie tylko pomagał polskim chorym, ale także kształcił polską kadrę lekarską.