Jednak jej konwersja na katolicyzm została negatywnie odebrana przez protestanckie środowisko Nowego Jorku, co powodowało ciągły odpływ uczniów z jej placówki.
W 1806 roku Elżbieta spotkała się z sulpicjaninem, późniejszym arcybiskupem Louisem Dubourgem, który zaproponował jej poprowadzenie katolickiej szkoły dla dziewcząt najpierw w Baltimore, a później w Emmitsburgu, gdzie znajdowała się sulpicjańska misja. W 1809 roku rozpoczęła pracę nad powołaniem do życia Akademii św. Józefa i katolickiej szkoły dla dziewcząt w Emmitsburgu. Była to pierwsza bezpłatna katolicka szkoła dla dziewcząt w USA. Stąd powołanie jej do życia uznaje się za początek budowy katolickiego systemu szkół parafialnych w Stanach Zjednoczonych.
W tym samym roku Elżbieta założyła wspólnotę zakonną poświęconą edukacji i opiece nad ubogimi dziećmi. Było to pierwsze katolickie zgromadzenie sióstr zakonnych założone w Stanach Zjednoczonych. Zgromadzenie przyjęło nazwę Sióstr Miłosierdzia św. Józefa i dzięki wpływowi Dubourga było oparte na regule francuskiego Zgromadzenia Sióstr Miłosierdzia św. Wincentego a Paulo (szarytek). Od tego momentu Elżbieta stała się znana jako „Matka Seton”. Przez resztę życia kierowała zgromadzeniem i kontynuowała pracę nad edukacją oraz wychowaniem młodzieży.