Od początku okupacji hitlerowskiej w 1939 został skierowany do pracy w obozie przejściowym na ulicy Wąskiej w Krakowie. Był zaangażowany w pomoc uwięzionym, pomagał organizować ucieczki i produkował kenkarty. Denuncjacja w drugiej połowie 1942 była przyczyną aresztowania i uwięzienia w areszcie na ulicy Montelupich. Transportem w dniu 1 grudnia 1942 został wywieziony do Auschwitz-Birkenau, gdzie pracował w kartoflarni, a następnie w malarni obozowej. Pobyt w Auschwitz zakończył 12 marca 1943, kiedy przeniesiono go do KL Gross-Rosen. Przebywał tam przejściowo i już 22 kwietnia 1943 został przetransportowany do Sachsenhausen. Tam również nie przebywał długo, 22 lipca 1944 z obozu w Oranienburgu przewieziono Adama Jaźwieckiego do Halberstadt, gdzie znajdował się podobóz KL Buchenwald. W pierwszych dniach maja obóz ewakuowano, jeńców wyzwolono w okolicy Zwonitz. Powracając do Krakowa udało mu się zabrać część prac tworzonych obozach, portretował współwięźniów i samego siebie. Zachowała się kolekcja 113 obrazów, które przekazano do muzeum w Oświęcimiu.