Pingwina białookiego po raz pierwszy opisał nawigator i przyrodnik Jules Sébastien César Dumont d'Urville (szerzej znany jako Jules Dumont d'Urville ) 21 W styczniu 1840 roku odkrył wraz z załogą statku Adélène's Land, któremu nadał nazwę pochodzącą od imienia swojej żony. Rok później gatunek ten został opisany naukowo przez parę nawigatorów i przyrodników, Jacques’a Bernarda Hombrona i Honoré Jacquinot, na podstawie obszaru, w którym go zaobserwowano – pingwina Adelii, początkowo jako Catarrhactes adeliae, później Pygoscelis adeliae .
Do rodzaju Pygoscelis należą również dwa inne gatunki pingwinów – pingwin maskowy (Pygoscelis antarctica) i pingwin białobrewy (Pygoscelis papua). DNA mitochondrialne i jądrowe sugeruje, że przodkowie tego rodzaju oddzielili się od innych pingwinów około 38 milionów lat temu. , dwa miliony lat po przodkach rodzaju Aptenodytes, który jest odgałęzieniem bazowym całego rzędu. Pingwin białooki oddzielił się od pozostałych przedstawicieli rodzaju jako nowy gatunek około 19 milionów lat temu.