Dla kontrastu, stworzenia wrogie, takie jak pająki, creepery, szkielety czy zombie, pojawiają się w nocy lub w ciemnych miejscach, jak na przykład jaskinie.
Świat gry jest tworzony na bieżąco podczas jego eksplorowania, używając ziarna, które otrzymuje się z aktualnej godziny zegara systemowego, jeżeli gracz nie podał własnego.
Choć istnieją ograniczenia w przemieszczaniu w górę i dół, to Minecraft pozwala na niemal nieskończoną długość i szerokość mapy. Gra pozwala na to, dzieląc świat na mniejsze części nazywane chunkami, które są tworzone lub wczytywane tylko wtedy, gdy gracz jest w pobliżu nich.
Fizyka w Minecrafcie jest często przez krytyków określana jako nierealistyczna. Nie wpływa ona na większość trwałych klocków w grze.
Minecraft, oprócz głównego świata, oferuje jeszcze dwa wymiary: Nether i End (nazywany też Kresem). Nether to wymiar podobny do piekła, do którego gracz może się dostać przez portal. Znajduje się tam wiele unikatowych materiałów niemożliwych do zdobycia nigdzie indziej, a także może być użyty do szybkiego przemieszczania się po normalnym świecie. End jest wymiarem, w którym znajduje się boss nazywany Ender Dragon.