Sezon 1998/1999 był 8. edycją rozgrywek o mistrzostwo Chorwacji. W pierwszej fazie rozgrywek rywalizowało 12 drużyn w jednej grupie. W drugiej rundzie 6 najlepszych zespołów walczyło o tytuł mistrzowski, natomiast pozostałe 6 najsłabszych ekip broniło się przed spadkiem. Tytuł obroniła drużyna Croatia Zagrzeb. Tytuł króla strzelców zdobył Joško Popović, który w barwach klubu HNK Šibenik strzelił 21 goli.
1. runda KlubMZRPBr+Br-Br+/-PktUwagi 1 Croatia Zagrzeb 22 17 2 3 44 14 30 53 Grupa mistrzowska 2 NK Rijeka 22 17 1 4 35 18 17 52 3 Hajduk Split 22 12 6 4 38 17 21 42 4 NK Osijek 22 11 3 8 37 23 14 36 5 Varteks Varaždin 22 9 3 10 40 36 4 30 6 Hrvatski Dragovoljac Zagrzeb 22 6 7 9 17 23 -6 25 7 HNK Šibenik 22 7 3 12 27 45 -18 24 Grupa spadkowa 8 Cibalia Vinkovci 22 6 5 11 22 29 -7 23 9 NK Zagreb 22 5 8 9 28 37 -9 23 10 Zadarkomerc Zadar 22 5 6 11 27 40 -13 21 11 NK Slaven Belupo 22 5 6 11 24 37 -13 21 12 Mladost 127 Suhopolje 22 5 4 13 22 42 -20 19