W początku stycznia 1847 przyjechał w okolice Rogoźna. 9 stycznia 1847 wszedł do karczmy w Studzieńcu, aby się rozgrzać. Wdał się w dyskusję z obecnymi tam Polakami, która przerodziła się w żywiołową mowę patriotyczną. Obecny w karczmie niemiecki rzeźnik Reiner doniósł o obecności Babińskiego żandarmowi Franciszkowi Komorkiewiczowi z Rogoźna (6 kilometrów). Komorkiewicz przybył do karczmy, zażądał od Babińskiego dokumentów, a po zakwestionowaniu autentyczności paszportu chciał uzyskać inny dokument. Agitator wyjął w tej sytuacji broń i strzelił do żandarma, który potem zmarł, a następnie drugi raz, w sufit, by odpędzić próbujących pochwycić go chłopów, w tym Michała Kostrzewę i Stefana Łukaszewskiego. Uciekając polami dotarł do brzegu jeziora Rogozińskiego, które postanowił przebyć po lodzie. Pościg dopadł go na środku akwenu. Wiedząc, że nie jest w stanie się obronić, wyjął pistolet i dwa sztylety, oświadczając, że sam się zabije, jednak prosi o chwilę spokoju na modlitwę. Prośby nie wysłuchał rzeźnik Reiner, który poszczuł go psem, a następnie od tyłu ciął szablą w głowę. Kijem bił go natomiast syn Reinera. Ogłuszonego skuto łańcuchami i przewieziono do Poznania. Podczas zajścia stracił władzę w jednej ręce.