Czerwone nogi u osobników młodocianych zawężają identyfikację do kobczyka amurskiego i zwyczajnego. Ciemniejsza czapeczka i brak barwy płowożółtej w ubarwieniu aż po brzuch wykluczają zachodnią odmianę kobczyka Falco vespertinus. Samice i osobniki młodociane nie mają płowożółtych piór na pokrywach podskrzydłowych, które są obecne u kobczyka Falco vespertinus.
Systematyka Jest to gatunek monotypowy.
Długo zastanawiano się nad tym, czy to podgatunek lub jedynie przejaw polimorfizmu kobczyka Falco vespertinus, ale obecnie uważa się jego pozycję za dość odmienną od tego gatunku. Jednakże nie zmienia to faktu, że kobczyk jest najbliższym krewnym kobczyka amurskiego. Jego pokrewieństwo z innymi sokołami nie jest dotąd dobrze wyjaśnione. Pod względem morfologii wyglądają na gatunek pośredni pomiędzy pustułkami a kobuzem, a dane z sekwencjonowania DNA nie wniosą w tym względzie bardziej szczegółowych informacji, gdyż brakuje próbkowania przeprowadzonego na szeroką skalę. Możliwe, że taksonomicznie są bliższe drzemlikowi niż innym żyjącym sokołom lub, ogólniej ujmując, spokrewnione są z tymi gatunkami i amerykańskimi sokołami, jak pustułka amerykańska i sokół rdzawobrewyWink et al. (1998), Griffiths (1999), Griffiths et al.