Niewielka część wzgórz wykorzystywana była jako pola uprawne. Od końca XIX wieku systematycznie wprowadzano na Krzemionkach gęstsze zadrzewienie. Obecnie na obszarze dawnych kamieniołomów, na skałach eksponowanych na południe i w miejscach nasłonecznionych występują zarośla i murawy kserotermiczne, z kolei na skałach od strony północnej i wschodniej oraz w miejscach zacienionych – zbiorowiska mszaków.