Wody Sieć rzeczna kraju jest dobrze rozwinięta i zasobna w wodę, co uwarunkowane jest obfitymi opadami i ukształtowaniem terenu. Rzeki są krótkie, do 200 km, a większa część kraju należy do zlewiska Oceanu Spokojnego. Najdłuższą rzeką kraju jest Chágres o długości 193 km, a druga co do wielkości rzeka Tiyra ma 182 km długości. Na terenie Panamy nie ma większych naturalnych jezior, poza rozlewiskami bagiennymi. Większym jeziorem jest Gatun o powierzchni 423 km², które powstało w wyniku prac przy budowie Kanału Panamskiego. Drugi sztuczny zbiornik – Lago Bayano powstał w wyniku wzniesienia zapory na rzece Chepo. W strefie wybrzeża karaibskiego w wielu miejscach występują tereny zalewowe namorzynów i obszary podmokłe.
thumb|260px|Wnętrze równikowego lasu
Gleby Panama leży na obszarze środkowoamerykańskiej krainy glebowej. Najpowszechniejsze gleby to czerwonożółte gleby ferralitowe, a w niektórych miejscach w zachodniej części kraju występują czerwonobrunatne gleby pochodzenia wulkanicznego.