Jednocześnie dokonana została rozbiórka spichrza „Woli Łeb”, oficjalnie z powodu złego stanu technicznego. Konserwator zabytków nakazał przy tym zachowanie jego płyty inskrypcyjnej, klińca z herbem Woli Łeb oraz części materiału do ponownego wbudowania pod nową inwestycję.

31 grudnia 2009 miasto Gdańsk podpisało nieprawnie utajnioną umowę z firmą Polnord SA na zabudowę Wyspy Spichrzów. Na jej mocy Gdańsk i Polnord SA miały utworzyć spółkę celową w celu zabudowy 2,6-hektarowej działki na północnym cyplu wyspy. W nowej spółce Gdańsk miał objąć 49% udziałów, wnosząc do niej aportem grunty na wyspie, wycenione na 59 mln zł. Polnord SA miał objąć 51% udziałów w spółce, a jego zadaniem miało być zdobycie finansowania i zabudowa tego terenu., z czego firma ta się nie wywiązała, a kwestia upublicznienia zapisów umowy stała się przedmiotem postępowania administracyjnego wszczętego na wniosek jednej z miejskich radnych.

W południowej części wyspy, przez którą przebiega Podwale Przedmiejskie wraz z linią tramwajową, trwa i jest zaplanowana realizacja kilku inwestycji (m.in. Aura Gdańsk i Chmielna Park).