W 1994 roku media rozpoczęły oszczerczą kampanię przeciwko „nietradycyjnym” wspólnotom wyznaniowym. Jeszcze w tym samym roku rząd uchwalił restrykcyjną ustawę o religii. W rezultacie Świadkowie Jehowy, podobnie jak inne mniejszości religijne, stracili swój status prawny. Niektórych Świadków Jehowy aresztowano, przerywano również ich zebrania zborowe oraz konfiskowano publikacje biblijne. Bułgarskie sądy nie zapewniły Świadkom Jehowy ochrony prawnej.
Po wyczerpaniu wszystkich możliwości prawnych w kraju, Świadkowie Jehowy skierowali sprawę do Europejskiego Trybunału Praw Człowieka (ETPC). 9 marca 1998 roku w ramach ugody uznanej przez ETPC bułgarskie władze zgodziły się zarejestrować Świadków Jehowy jako związek wyznaniowy. Na tej podstawie 7 października 1998 roku Dyrekcja Wyznań Religijnych przy Radzie Ministrów wydała dokument ponownie uznający prawnie Świadków Jehowy w Bułgarii. W roku 1999 działalność kaznodziejską prowadziło ponad 1000 głosicieli.
2000–2009 Od 2000 roku do Bułgarii przeprowadziły się setki Świadków Jehowy z innych krajów (m.in. z Polski), by pomóc miejscowym głosicielom w prowadzeniu działalności kaznodziejskiej.