Opady jak na tak mały kraj jakim jest Salwador są zróżnicowane, czego przyczyną jest rzeźba terenu. Największe opady występują w górach, szczególnie na krańcach północnych, daleko od Pacyfiku. Opad roczny w tym regionie przekracza 2000 mm, osiągając 2500 mm, a czasem więcej. Na wybrzeżu opady są niższe, co wiąże się z działaniem zimnych prądów morskich jak obmywają wybrzeża Salwadoru w półroczu zimowym. Średnia roczna dla tego regionu wynosi około 1000 – 1500 mm. Niewielkie ilości opadów notuje się także na śródgórskich kotlinach, gdzie wartości roczne są niższe niż 1000 mm. Najmniej opadów otrzymuje dolina środkowej Lempy, gdzie średnie wartości wynoszą 600-700 mm. Pora deszczowa trwa od maja do października, a sucha od listopada do kwietnia. Pora sucha jest bardzo wyraźna w dolinach śródgórskich i na wybrzeżu. W górach na północy jest słabo zaznaczona. W górach Salwadoru występują zimą dni z opadami śniegu.