Jego następcą został Tamir Pardo, wieloletni agent Mosadu, przyjaciel Jonatana i Binjamina Netanjahu. Podczas uroczystości pożegnania Dagana premier Netanjahu podziękował mu „w imieniu narodu żydowskiego”, a członkowie rządu obdarzyli owacją na stojąco. Były szef Mosadu otrzymał również osobisty list z podziękowaniami od prezydenta Busha.

Ostatnie lata Po odejściu z Mosadu został członkiem rady nadzorczej organizacji pomocy medycznej Hatzalach.

W 2012 media, powołujące się na izraelski serwis Walla!, podały informację, że podczas wizyty Tomasza Siemoniaka w Izraelu Meir Dagan otrzymał honorowe obywatelstwo Polski, jednak informacja ta nie została ostatecznie potwierdzona. W tym samym roku poddał się transplantacji wątroby na Białorusi. Zmarł po wieloletniej walce z rakiem 17 marca 2016. Jego śmierć wywołała powszechny smutek w Izraelu, jego zasługi wspominali politycy wszelkich opcji politycznych oraz dawni towarzysze broni.

Życie prywatne Po wojnie sześciodniowej ożenił się z Binią – pielęgniarką, która opiekowała się nim w szpitalu. Mieli troje dzieci. Był krępej budowy ciała, w młodości był blondynem. Zajmował się malarstwem i rzeźbiarstwem.