Smużenie ma jaśniejszą barwę w porównaniu z młodocianymi sokołami wędrownymi.

Odzywa się wysokim „rek-rek-rek”.

Systematyka Sokół berberyjski różni się wyglądem od sokoła wędrownego zgodnie z zasadą Glogera (zakłada ona, że u zwierząt stałocieplnych występujących w bardziej wilgotnym klimacie, np. na równiku, zaznacza się większa ilość pigmentu w ubarwieniu). Odległość genetyczna między nimi jest mała i gatunki są blisko ze sobą związane. Parafiletyczny takson, do którego należą, potwierdzają badania sekwencji DNA. Różnice przejawiające się w zachowaniu, zasiedlanym biotopie i anatomii wskazują na odmienność ponadgatunkową – zwłaszcza jeśli chodzi o charakterystyczny lot sokoła berberyjskiego, który uderza jedynie zewnętrzną częścią skrzydeł, co przypomina czasem powietrzne przemieszczanie się petreli. Czasem taki sposób lotu wykonuje też sokół wędrowny, ale dużo rzadziej i nie zaznacza się to tak wyraźnie.

U sokoła berberyjskiego kości miednicy i obręczy barkowej są zazwyczaj grubsze w odniesieniu do tych u sokoła wędrownego, a nogi są mniejsze. Sugeruje to, że krzyżowanie nie wpłynęło na drodze wspólnej ewolucji na te cechy.